Τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά του αρχαίου λιμανιού της Αμαθούντας ήταν ο λόγος επιλογής του μνημείου αυτού για τη δημιουργία του πρώτου υποβρύχιου αρχαιολογικού πάρκου στην Κύπρο. Πρόκειται για μία από τις καλύτερα διατηρημένες θέσεις αρχαίων λιμενικών εγκαταστάσεων στην ανατολική Μεσόγειο και το μοναδικό τέτοιο χώρο στην Κύπρο που δεν έχει υποστεί αλλοίωση από σύγχρονες χρήσεις. Η χρονολόγηση και τα αρχαιολογικά χαρακτηριστικά του λιμανιού έχουν τεκμηριωθεί από την ανασκαφή που διενεργήθηκε τη δεκαετία του 1980 από τη Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή Αθηνών, ενώ τα σωζόμενα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα βρίσκονται σε μικρό βάθος (0,80-1,50μ) και κοντά σε ακτή προσβάσιμη από το ευρύ κοινό. Ως εκ τούτου και για τους λόγους που αναφέρονται πιο πάνω, το αρχαίο λιμάνι έχει ενταχθεί στη Θαλάσσια Προστατευόμενη Περιοχή Αμαθούντας δημιουργώντας έτσι ιδανικές συνθήκες για έναν πρότυπο υποβρύχιο αρχαιολογικό χώρο, ανοιχτό για όλους όσους ενδιαφέρονται να τον επισκεφθούν.

Με την πεποίθηση ότι η πολιτιστική και φυσική κληρονομιά είναι αναπόσπαστα τμήματα του μοναδικού υποβρύχιου τοπίου της Αμαθούντας, επελέγησαν με μεγάλη προσοχή επεμβάσεις ήπιου χαρακτήρα, έτσι ώστε το κοινό να μπορέσει να βιώσει το χώρο και να κατανοήσει τη σημασία του, κάτι που διαφορετικά θα ήταν αδύνατο. Κατάλληλα τοποθετημένες ενημερωτικές πινακίδες στην ξηρά και υποβρυχίως θα παρέχουν πληροφορίες και θα ενθαρρύνουν τους επισκέπτες να κολυμπήσουν στο αρχαίο λιμάνι.

Προκειμένου να αποκαλυφθούν και να συντηρηθούν τα σωζόμενα τμήματα των λιμενοβραχιόνων, κρίθηκε απαραίτητη η απομάκρυνση της θαλάσσιας βλάστησης που τα καλύπτει. Καθώς σε αυτά περιλαμβάνεται και ένα πολύ μικρό τμήμα των προστατευόμενων λιβαδιών Ποσειδώνιας, υποβλήθηκε σχετικό αίτημα προς το Τμήμα Αλιείας και Θαλάσσιων Ερευνών (ΤΑΘΕ) και στη συνέχεια προς την Επιστημονική Επιτροπή, που ιδρύθηκε με βάση το Νόμο για την Προστασία και Διατήρηση της Φύσης και της Άγριας Ζωής , Ν. 153(Ι)/2003, η οποία εξετάζει θέματα που αφορούν προστατευόμενα είδη και οικοτόπους, όπως είναι η Ποσειδώνια. Με βάση της αξιολόγησης του ΤΑΘΕ ότι η επέμβαση είναι περιορισμένης έκτασης σε σχέση με την ολική επιφάνεια που καλύπτει η ποσειδώνια στην προστατευόμενη περιοχή της Αμαθούντας αλλά και της ευρύτερης θαλάσσιας περιοχής, και προκρίνοντας σε βάθος χρόνου την ανάδειξη και συντήρηση του μοναδικού αυτού υποβρύχιου αρχαίου μνημείου για την Κύπρο δόθηκε θετική γνωμοδότηση.

Σημειώνεται πως η Ποσειδώνια περιλαμβάνεται, ως είδος προτεραιότητας για προστασία, στην Ευρωπαϊκή Οδηγία των Οικοτόπων (92/43/ΕΟΚ) και στο Πρωτόκολλο της Σύμβασης της Βαρκελώνης για τις ειδικά προστατευόμενες περιοχές και τη βιολογική ποικιλομορφία στη Μεσόγειο. Είναι σημαντικό να αναφερθεί πως η Ποσειδώνια απαντάται σε ολόκληρη την ακτογραμμή της Κύπρου και μάλιστα οι σημαντικότερες περιοχές με τα πλούσια λιβάδια της έχουν ενταχθεί στο δίκτυο Natura 2000 και έχουν θεσπιστεί και σχετικές Θαλάσσιες Προστατευόμενες Περιοχές, όπως είναι το Κάβο Γκρέκο και ο Ακάμας.

Επίσης το ΤΑΘΕ προβαίνει σε έργα και δράσεις και συμμετέχει σε επιστημονικά προγράμματα, τόσο για την απόκτηση περαιτέρω επιστημονικής γνώσης, όσο και για την προστασία τους. Δημοσιεύματα που παραπέμπουν στην «λεηλασία» της Ποσειδώνιας από το ΤΑΘΕ μόνο άστοχα μπορούν να χαρακτηριστούν βάσει του όλου έργου που διαχρονικά επιτελεί το Τμήμα για την προστασία τους.